V roku 2001 vypukol na Úrade vlády škandál, keď sa objavili závažné podozrenia z korupcie a zneužívania postavenia štátnymi úradníkmi pri rozhodovaní o prostriedkoch predvstupovej pomoci EÚ. Výsledkom tejto kauzy bolo prepustenie niekoľkých úradníkov a odvolanie podpredsedu vlády pre európsku integráciu Pavla Hamžíka. Čo však bolo vážnejšie, peniaze z programu PHARE, ktoré mali slúžiť na prípravu systému pre zvládnutie niekoľkonásobne väčšieho balíka boli preč a Slovensko nemalo v roku 2004 pripravené ani systémové nástroje ani dostatočné personálne kapacity na to, aby dokázalo dobre spravovať miliardy eur zo štrukturálnych fondov. V čase začatia čerpania štrukturálnych fondov EÚ tak mali postupy súvisiace s rozhodovaním o týchto financiách značné nedostatky. Boli netransparentné, neumožňovali verejnú kontrolu, vôbec neriešili možnosť konfliktu záujmov a tak stále existovalo riziko zneužitia týchto prostriedkov.

Začiatkom roka 2004 nezávislý monitorovací tím podal podnet ministrovi spravodlivosti s požiadavkou iniciovať proces prípravy systému opatrení na ochranu pred netransparentnosťou, zneužívaním a konfliktom záujmov pri rozhodovaní a správe fondov EÚ na Slovensku. Tento podnet sa stretol s pochopením rezortu spravodlivosti a minister Lipšic poveril Odbor boja proti korupcii Úradu vlády SR úlohou zdokumentovať kvalitu legislatívy v tejto oblasti a jej funkčnosť v reálnej praxi.

Výsledkom bolo vypracovanie Správy o záveroch a odporúčaniach vyplývajúcich z dotazníka “Právna ochrana pred netransparentnosťou, zneužívaním a konfliktom záujmov vo vzťahu k rozhodovaniu o využívaní fondov EÚ v SR” a prijatie uznesenia lády SR č.797/2004, ktoré uložilo všetkým výkonným orgánom zainteresovaným do programovania a implementácie fondov EÚ uplatňovať systém opatrení navrhnutých v správe. Okrem toho bolo konečne prijaté jasné a prísne pravidlo zákazu konfliktu záujmov. Tieto pravidlá sa potom mali premietnuť do postupov na úrovni ministerstiev a ďalších organizácií, ktoré sú zodpovedné za riadenie a spravovanie európskych fondov na Slovensku. Prínosom vládneho uznesenia č.797/2004, bolo predovšetkým, že sa v ňom prvý krát upravovali postupy a procesy, ktoré predtým neboli jednotné. Ako príklad dobrej praxe boli tieto pravidlá ocenené aj predstaviteľmi Európskej komisie (EK). Slovensko, dovtedy často uvádzané ako odstrašujúci príklad v oblasti manažmentu fondov EÚ, sa po prijatí tohto uznesenia začalo na medzinárodných fórach spomínať v inom svetle a celý proces bol označený ako príklad dobrej praxe.

Tieto pravidlá boli zamerané na to, aby bolo zabezpečené:

• včasné zverejňovanie úplných a jednoznačných informácií pre žiadateľov,
• zamedzenie svojvoľného zasahovania do zverejnených pravidiel,
• ochrana žiadateľov pred postihom za použitie oficiálne zverejnených, ale nesprávnych informácií,
• zjednotenie metodiky hodnotenia administratívnej zhody (formálnej správnosti) predložených žiadostí,
• možnosť pre žiadateľa doplniť žiadosť v prípade, že sa pri formálnej kontrole zistí jej neúplnosť,
• zjednotenie metodiky hodnotenia a jej objektivizácia,
• transparentnosť výberu hodnotiteľov,
• postih prijímateľov v prípade, že došlo k pokusu o ovplyvňovanie hodnotenia, 
• vyvážené zastúpenie socio-ekonomických partnerov v monitorovacích výboroch,
• prístup monitorovacích výborov a verejnosti k informáciám o schválených a zamietnutých žiadostiach,
• účinné a vynútiteľné nástroje pre výkon funkcií členov monitorovacích výborov, 
• jednoznačné a vynútiteľné pravidlá pre prípady porušenia konfliktu záujmov.

V roku 2007 vydal Centrálny koordinačný orgán (CKO) sériu metodických usmernení, v ktorých boli zahrnuté aj niektoré pravidlá z uznesenia č. 797/2004. V novembri 2008 bol prijatý zákon č.528/2008 Z.z. o opomoci a podpore poskytovanej z fondov Európskej únie, ktorý tiež zahŕňa niektoré z opatrení prijatých v uznesení č. 797/2004.

Nezávislý monitorovací tím sa v súčasnosti okrem iného zameriava na dve dôležité úlohy: šírenie informácií o protikorupčných opatreniach zavedených uznesením vlády č. 797/2004 a monitoring jeho plnenia v praxi.