Výber projektov bude prebiehať podľa vopred stanovených pravidiel:

1. Monitorovací výbor pre príslušný program (napr. MV pre SOP Priemysel a služby) potvrdí alebo upraví programový doplnok, obsahujúci i rozdelenie finančných prostriedkov podľa priorít a opatrení daného programu a taktiež zváži a schváli kritériá pre výber projektu podľa jednotlivých opatrení.
   
   
2. Projekty budú predkladané konečnými prijímateľmi a údaje projektov vložené do elektronického informačného monitorovacieho systému pre štrukturálne fondy. Zároveň bude zabezpečená predbežná kontrola a vyradenie nespôsobilých projektov v dôsledku neúplnej dokumentácie, nespôsobilosť výdajov, rozpor s predpismi SR a politikami ES a. i.; nevyhovujúce projekty vrátane riadneho zdôvodnenia budú vrátené späť predkladateľom.
   
   
3. Vyhovujúce projekty budú posúdené v nadväznosti na stanovené kritéria pre výber projektov, kvantifikované ciele opatrení a smernice ministerstva pre hodnotenie projektov, spôsobilosť výdavkov a v súlade s politikami Slovenskej republiky a EÚ. Pokiaľ bude potrebné, môžu sa najať k posúdeniu experti z daného odboru. Projekty budú obodované a stanoví sa ich poradie (v rámci stanovenej finančnej kvóty) a návrh bude predložený riadiacemu orgánu pre daný program.
   
   
4. Riadiaci orgán prijme rozhodnutie o výbere projektu. Pokiaľ sa rozhodnutie riadiaceho orgánu odchýli od pôvodného návrhu, musí byť vždy riadne zdôvodnené.
   
   
5. Riadiaci orgán potom pripraví súhrnný návrh výberu projektov. V návrhu budú uplatnené pripomienky k nedostatkom výberu projektov, najmä ak pri výbere neboli rešpektované príslušné predpisy a smernice, kvantifikované ciele opatrení, atď.
   
   
6. Po prerokovaní a odsúhlasení sa pripraví návrh zmluvy s konečným prijímateľom, zmluvu menom riadiaceho orgánu podpisuje jeho autorizovaný predstaviteľ.